Junköns naturreservat består av två separata områden som ligger intill varandra tvärs över ön, mellan Junkö by och militärskjutfältet. Marken är i regel väldränerad och består mestadels av morän men även av grusiga sandiga material. De hedartade tallskogarna i områdets norra delar är mycket natursköna och även lättillgängliga genom den korsande bilvägen och områdets många stigar. som underlättar ett rörligt friluftsliv. Under sommartid går turbåtar hit och vid bra förhållanden finns vintertid även en isväg för biltrafik som leder ut till ön.
Den senaste större skogsbranden på ön tros ha skett runt år 1850 och det finns ännu kvar spridda äldre överståndare med brandskadade stammar, så kallade brandljud.
Centrala partier utgörs av hedartade tallskogar av lavristyp. Den dominerande beståndsåldern i dessa skogar bedöms vara mellan 150 och 175 år. I vissa partier är det även vanligt med en äldre generation tallar som har en ålder på ca 200-250 år. Gammelskog av denna typ är mycket sällsynt i regionen och ger området ett högt bevarandevärde. Skogen längs stränderna utgörs till stor del av opåverkad, primär landhöjningsskog där granen just har konkurrerat ut gråalen och grova vårtbjörkar är vanligt förekommande. Även här finns gott om lågor och torrakor.
Inom reservatet finns enstaka partier av restskog av skiftande karaktär och lägre bevarandevärden. Dessa är i varierande grad påverkade av äldre skogsbruk och här finns även enstaka diken. Vissa delar har avverkats hårt och utgörs nu av fuktiga granbestånd med inslag av björk där överståndare i princip helt saknas och andra delar gallrades på 80-talet. Här finns även skogspartier med ett stort inslag av aspkörtlar.
Spritt över reservatet finns en mängd olika stora våtmarker. I områdets östra skifte finns ett större komplex av myrar vilka bedöms ha särskilt höga naturvärden.
Påverkansgraden inom reservatet varierar kraftigt och inkluderar både i princip helt opåverkade bestånd med mycket höga bevarandevärden och mer triviala restskogar. En omfattande tjärbränning har förekommit på ön, vilket kan förklara att stora delar har sparsamt med både död ved och träd med brandljud, då dessa innehöll mycket tjära. Detta till trots har området ändå behållit mycket av sin naturliga karaktär.
Områdets kustremsor bedöms vara nästan helt oexploaterade och Junkön, liksom intilliggande öar, omges av stora grundområden. Junkön bildades genom att två olika öar nu växt samman. Utanför reservatets nordvästra strand finns bottnar som tidvis blottas vid lågvatten och de långgrunda miljöerna kan utgöra goda födosöksområden för vadarfåglar och änder som häckar eller rastar i området. Drillsnäppa, grönbena, knipa, salskrake och svärta är exempel på arter som syns runt Junköns kuster. Av de lite mer sällsynta fåglarna kan nämnas gravand, tordmule och tobisgrissla. Födosöker och häckar vid kusten gör även de flesta måsfåglar och kustlabb.
Skogarna på Junkön fungerar som både häcknings- och rastlokaler för en mångfald av fågelarter. Finkar, sångare och spettar trivs bra på ön. I lövrika områden stannar flugsnappare och rödstjärt medan trädpiplärkan väljer att bygga sitt bo i hällmarkstallskog. I barrskogen trivs även korsnäbbar och talltita, medan videsparv och enkelbeckasin häckar på myrmarkerna. I reservatet förekommer även många andra arter som är typiska för dessa naturmiljöer. Flera av dom är typiska naturskogsarter vilka indikerar lång skoglig kontinuitet och värdefulla naturskogsmiljöer. Här finns rapporterade fynd av exempelvis korallrot, klapperstarr, myggblomster, Jungfru Marie-nycklar, lappticka, finporing, blackticka, laxporing, rynkskinn, ostticka, vitgrynig nållav, månlåsbräken och höstlåsbräken.

Länsstyrelsen i Norrbottens län

0, Områden som ej kan klassificeras enligt IUCN: s system.

151,24

49,28

178,95

228,23