Fågle naturreservat ligger i det flacka landskapet direkt väster om Färnebofjärden i nedre Dalälven. Naturreservatet gränsar i sydost direkt mot Färnebofjärdens nationalpark och blir därmed en direkt förlängning av den skyddsvärda natur som ingår i nationalparken.

Naturreservatets centrala delar består av fuktiga till våta älvängar kring Svartbäcken med dess biflöden. Svartbäcken mynnar ut i Färnebofjärden och Dalälven strax öster om naturreservatet. När Dalälven stiger vid vårflodens högvatten översvämmas älvängarna av älvens vatten. Älvängarna är som blötast kring Västeränget, i naturreservatets östra delar. På Råmyran i reservatets västra delar övergår ängarna alltmer i fuktiga till friska marker, även om översvämningspåverkan finns även i dessa delar. Älvängarna har en lång historia som hävdade fodermarker. Så sent som in på 1960-talet var alla ängsmarker och delar av det som idag är skogsmark välhävdade fodermarker, helt utan igenväxningsvegetation. Då hävden succesivt upphört är framför allt de blötare delarna av ängarna nu kraftigt igenväxande. I östra delen av Råmyran finns en stycke ängsmark som in på 1990-talet hävdades som betad strandäng. Denna ängsmark var då en av endast två fortfarande hävdade strandängar vid Dalälven. Hävden har nu upphört även av denna ängsmark, men här finns fortfarande en fin hävdgynnad flora med arter som blodrot, hirsstarr, blekstarr och inte minst ängsvädd. I detta område finns även en stabil population av den hotade fjärilen väddnätfjäril, som för sin reproduktion är helt knuten till värdväxten ängsvädd.

I naturreservatets östra delar finns några små, flikiga åkertegar med flera små åkerholmar. I anslutning till åkrarna finns även en gammal timrad lada. I detta område finns även en större fornlämning kallad Fågle gamla tomt. Lämningarna består av rester från sammanlagt 12 husgrunder, varav en med spisröse. Rester finns även från en fägata, samt markröjda ytor och odlingsrösen.

Skogsmarken i naturreservatet består i sin helhet av sekundära skogar uppkomna efter avverkningar från 1960-talet och framåt, eller av skogsmark som uppkommit genom igenväxning av gamla kulturmarker där hävden upphört. I de norra delarna av området finns blandskogar med stor andel lövträd som asp och björk, med vissa mindre bestånd dominerade av