Reservatet består av ett stort antal större och mindre öar, bränningar och små skär. Närheten till öppet hav gör miljön speciell med kala klippor och krypande gamla tallar som trots hög ålder bara lyfter sig några meter över marken. Även de karga fågelskären och björkskären är naturtyper som visar närheten till havet och en hård miljö.

Naturen är varierade inom reservatet. Magra tallhällmarker, med grova och ofta flerstammiga gamla tallar avbryts av tjusor eller fuktsvackor med lövträd. Här och var finns områden med gammal ek, ofta stående mellan tallarna med det förekommer också områden där ek dominerar som i tjusor på Krokhalsskär eller Smultronholmen. Skräckskär är av en lite annan typ än de andra öarna, mer karaktär av riktig ytterskärgård. Här finns flera flacka partier med sumpskogar, småvatten och relativt mycket lövträd i norr med karaktär av ett björkskär med dominerande glasbjörk.