Mjölkuddsberget är något av en oas av grönska mitt i ett annars hårt exploaterat område, på tre sidor omgivet av industriområden och bostäder. På den fjärde sidan, mot nordost, ansluter Björkskatafjärdens vattenspegel.

Det ca 60 meter höga berget utgör en av de högre punkterna i det i övrigt flacka landskapet kring Luleå tätort. Det innebär att berget var en av de första kobbarna som stack upp ur havet när landet började resa sig efter det att inlandsisen dragit sig tillbaka från området. Vågornas verkan på den exponerade lilla ön medförde att det mesta av finmaterialet spolades bort från de högsta delarna. Detta skeende ger ännu idag grundförutsättningarna för vegetationens sammansättning och fördelning över berget.

Således kännetecknas de högsta delarna av karga förhållanden där endast ett fläckvis förekommande tunt jordtäcke ger utrymme för växtlighet att få fäste. Här växer en gles tallskog, huvudsakligen på torra markförhållanden. På bergets sluttningar där friska markförhållanden råder och där jordtäcket är mindre påverkat av svallning är skogen mer sluten och har större graninslag. Nedanför själva berget, på stranden mot Björkskatafjärden, finns en fuktig-våt strandlövskog. I kanten på bergets västra sida låg tidigare några gårdar med angränsande odlingsmarker. Dessa är idag bortrivna, och gårdstomter och odlingar är halvt igenvuxna med lövdominerade dungar och värdefulla brynmiljöer. Spåren av gårdarna syns i form av några husgrunder som utgör kulturhistoriska lämningar.

Berget har under stora delar av 1900-talet varit inhägnat och avlyst för militära ändamål och skogen har därför lämnats orörd. Det märks framför allt på inslaget av gamla tallar som finns spridda över området, med åldrar på åtminstone uppåt 200 år ? eller högre än så bland de träd som växer högst upp på hällmarkerna. Tallarna har ofta vida kronor, vilket bekräftar bilden att skogen under en period varit glesare, framför allt på de övre delarna av berget.

Björkskatafjärdens vattennivå har höjts och stabiliserats i och med innerfjärdsprojektet på 1990-talet då fördämningar byggdes i vardera änden av fjärdsystemet. Det har givit ekologiska följder både i vattenmiljön och i reservatets strandzon. Landhöjningens och vattenståndsfluktuationernas effekter som annars präglar Bottenvike