Naturreservatet ligger ca 37 km NV om Jokkmokk och 6 km öster om byn Nautijaur i Jokkmokks kommun. Naturreservatet utgörs av en skog-myr-mosaik. I östra delen utgörs myrarna av topogena kärr och strängblandmyr och i västra delen av strängflarkkärr. Bäcken Gájlejågåsj rinner från öst till väst genom området och passerar genom sjön Skåhppejávrátja.

Landskapsbilden präglas dels av ett område med isälvsavlagring formade som ryggar och kullar som sträcker sig i reservatets längdriktning, dels av ett moränbacklandskap i öster. Berggrunden utgörs i väster av ryolit och i öster av granodiorit och granit.

Skåhppejávrátja naturreservat ligger i direkt anslutning det väldiga naturreservatet Jielkká-Rijmagåbbå, ett i huvudsak väglöst skogs- och myrlandskap. Hela Jielkká-Rijmagåbbåområdet, inklusive Skåhppejávrátja naturreservat, ingår i Natura 2000-området Jielkká-Rijmagåbbå. Tillsammans med intilliggande Ultevis naturreservat utgör det ett av västra Europas största sammanhängande urskogsområden.

I naturreservatets sydvästra del finns ett stort sammanhängande område med flerskiktad och olikåldrig tall- och barrblandskog med trädåldrar mellan 100?250 år. Träd på uppemot 300 år förekommer. Förekomsten av hänglavar är riklig och död ved förekommer allmänt. De centrala delarna utgörs av sandtallskog.

Längs norra reservatsgränsen finns en örtrik granurskog på översilningsmark. I nordväst finns en stor cirka 140?160 år gammal tallbränna som är enskiktad, högvuxen och välsluten. Det finns tämligen sparsamt med död ved i brännan.

I naturreservatets östra del går skarpa och torra åsar genom myrmosaiken. Skogen på åsarna är till stor del avverkade och föryngrade med tall. Kantzonerna mellan de avverkade ytorna och myrarna består av olika typer av naturskogar såsom lavrik tallskog, sandtallskog och barrblandskog, ofta hänglavsrika, flerskiktade och olikåldriga.

I naturreservatet finns fler sällsynta och hotade arter som är knutna till gamla barrnaturskogar, till exempel harticka, knottrig blåslav, sprickporing, granticka och rosenticka.

Naturreservatet är beläget inom Sirges samebys betesområde, och används som vinterland och vårvinterland.