Till Junkön tar man sig, sommartid, med egen eller turbåt, eller varför inte kajak? Den närmaste landfasta hamnen (om man ska till byn) är Lövskärs småbåtshamn på Hertsölandet.I den skyddade hamnen finns det plats för gästande båtar och turbåten trafikerar ön vissa dagar i veckan.Vintertid finns det ofta plogad bilväg, från Tjuvholmssundet, till ön. Annars ligger Junkön på lämpligt skid- eller skridskoavstånd från Sandön, dit det nästan alltid finns bilväg.